Просто трябва да правите актуализацията в едно присъединяване като това
UPDATE
t1 INNER JOIN t2 ON t1.variant_id = t2.variant_id
SET t1.product_code = t2.value
WHERE t2.key_id = 10
AND t2.value IS NOT NULL
В този случай няма нужда да се притеснявате за нулеви стойности, тъй като вътрешното свързване ще избира само редове, където variant_id съществува и в двете таблици.
