Според документацията на MySQL, за да направите кръстосана актуализация на таблица, не можете да използвате присъединяване (както в други бази данни), а вместо това да използвате клауза where:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /bg/update.html
Мисля, че нещо подобно трябва да работи:
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID