Мисля, че това, което срещате, е ограничение на MySQL конзолата. Като се има предвид списък с оператори, MySQL конзолата изпълнява всеки от тях, независимо от генерираните грешки. Дори ако сте внедрили някои от предложенията за повишаване на грешките, споменати в предишни коментари, конзолата MySQL няма да спре да се изпълнява, когато се срещне такава грешка.
Предполагам, че нямате ресурсите да приложите скриптов език към проблема, който би могъл да изпълни вашия SQL вместо вас и да се справи с грешките. Мисля, че в този случай просто се нуждаете от по-стабилен инструмент от MySQL конзолата.
Администратор на MySQL прави каквото ви трябва, ако разбирам правилно проблема ви. Ако настроите вашата MySQL връзка и се свържете с базата данни, имате два налични инструмента от менюто Инструменти. Нормалната MySQL конзола е там, но имате и MySQL Query Browser.
Ако отворите Query Browser, получавате приличен изглед на GUI на вашите MySQL бази данни. Файл -> Отвори скрипт, за да отворите своя SQL скрипт, след което използвайте бутона Изпълнение.
Получавате хубава лента за напредък и което е по-важно от звуците на това, ако заявка не успее, изпълнението на скрипта спира и подчертава неуспешната заявка. Можете да изберете да го пропуснете и да продължите или дори ръчно да промените данните си и да стартирате от някое друго място по-надолу в скрипта.
Изоставих MySQL конзолата почти веднага, след като разбрах и изпробвах Administrator.