Ако данните се побират в RAM, data.table е по-бърз. Ако предоставите пример, вероятно бързо ще стане очевидно, че използвате data.table лошо. Чели ли сте „което и какво не трябва“ в data.table wiki ?
SQL има долна граница, защото е магазин за редове. Ако данните се побират в RAM (а 64-битовата е доста малко), тогава data.table е по-бърз не само защото е в RAM, а защото колоните са съседни в паметта (минимизиране на извличането на страници от RAM до L2 за операции с колони). Използвайте data.table правилно и трябва да е по-бърз от долната граница на SQL. Това е обяснено в ЧЗВ 3.1. Ако виждате по-бавно с data.table, тогава шансовете са много високи, че използвате data.table неправилно (или има грешка в производителността, която трябва да поправим). Така че, моля, публикувайте някои тестове, след като прочетете уикито data.table.