ИЗБЕРЕТЕ ИД ИМАТЕ максимален брой идентификатори

SELECT color_id AS id, COUNT(color_id) AS count 
FROM products 
WHERE item_id = 1234 AND color_id IS NOT NULL 
GROUP BY color_id 
ORDER BY count DESC
LIMIT 1;

Това ще ви даде color_id и броя на този color_id, подреден от броя от най-голямо до най-малко. Мисля, че това е, което искате.

за вашата редакция...

SELECT color_id, COUNT(*) FROM products WHERE color_id = 3;