Да, можете да сменяте и заменяте двигатели като използвано бельо, ако желаете, без много проблеми. Просто го променете в phpmyadmin.
Но не бих го променил, за да го променя. Трябва ли да използвате външни ключове? Променете го. Имате ли нужда от заключване на ниво ред вместо заключване на таблица? Променете го.
Струва си да се отбележи, че има и основателни причини да използвате MyISAM. Разгледайте индексирането на FULLTEXT. Не можете да направите това с InnoDB.
АКТУАЛИЗИРАНЕ
От MySQL 5.6 FULLTEXT е внедрен и за InnoDB таблици. Ето ръководството .
