Отидете на Редактиране -> Предпочитания -> SQL Editor и там ще видите:
DBMS connection keep-alive interval (in seconds): 600
DBMS connection read time out (in seconds): 600
DBMS connection time out (in seconds): 60
Интервалът за поддържане на активност на връзката на DBMS означава колко често Workbench изпраща заявка за поддържане на активност до сървъра, за да поддържа връзката жива.
Тъй като 5 минути ==300 секунди, задайте интервал за поддържане на активност на връзката с DBMS <300 (напр. 250)
Това ще означава "изпращане на заявка за поддържане на активност на всеки 250 секунди". Щракнете върху OK.
След това излезте от MySQL Workbench и го стартирайте отново, за да влязат в сила промените.
Ако използвате стандартен TCP/IP през SSH метод за свързване, също така може да бъде полезно да конфигурирате и ssh ServerAliveInterval.