Предлагам да опитате две неща:
1. Проверете разрешенията
Уверете се, че вашата директория с данни на MySQL и всички файлове в нея са собственост на потребителя на mysql и групата на mysql. Това може да не е така, ако сте копирали файловете на вашата локална тестова машина като root потребител:
chown -R mysql:mysql your-mysql-data-dir-here
2. Поправете повредени масии
Използвайте mysqlcheck за да провери за повредени таблици и да ги поправи, ако открие такива:
mysqlcheck -u root -p --auto-repair --all-databases
Ако все още не можете да използвате таблиците след това, опитайте mysqldump!