Този "проблем" е само в InnoDB .
Това е по проект и е предназначено да подобри едновременността:друга нишка може да използва AUTO_INCREMENT без да се налага да чакате резултатите от UPSERT операция.
От документите :
MyISAM не проявява това поведение, тъй като е AUTO_INCREMENT алгоритъмът се реализира по различен начин (поради ограничената му способност да поддържа едновременно DML ).