Бих си помислил, че това ще стане, но съм отворен за корекции:
(РЕДАКТИРАНО, за да включи добра точка, предоставена в коментарите)
delete from mysql.proc WHERE db LIKE <yourDbName>;
(Както е посочено от Balmipour в коментарите по-долу, добра идея е да посочите базата данни.)
Мисля, че е валидно да искате да премахнете всички процедури в дадена база данни, в противен случай в дълъг цикъл на разработка има опасност остарели процедури и функции да натрупат и замъглят всичко.