Опитвам проста заявка с в параметър с mysql 5.5 до jdbc код

Не трябва да извиквате executeQuery(String) на PreparedStatement , трябва да извикате executeQuery() вместо. Това е изрично забранено от JDBC API, но се обърка само случайно (поради синтактична грешка) с MySQL Connector/J.

Имайте предвид, че текущата ви заявка е еквивалентна на:

select * from matrix where metric_name = ?

Не виждам причина да използвате IN тук.