Актуализация:тази функционалност е обединена в pandas master и ще бъде пусната в 0.15 (вероятно края на септември), благодарение на @artemyk! Вижте https://github.com/pydata/pandas/pull/8062
Така че, започвайки от 0.15, можете да посочите chunksize аргумент и напр. просто направете:
df.to_sql('table', engine, chunksize=20000)
