Вижте този отговор
. Изглежда, че MySQL драйверът трябва да е в {$TOMCAT]/lib
споделени между приложенията. Проверете дали не го включвате във всяко приложение. Поне при мен проработи и успях да премахна предупреждението.
Ако използвате Maven, маркирайте зависимостта, както е предоставена.
АКТУАЛИЗИРАНЕ:
Основната причина е, че Tomcat има проблеми със събирането на боклука на драйвера, тъй като е регистриран в един единствен елемент, общ за няколко приложения. Затварянето на едно приложение не позволява на Tomcat да освободи драйвера. Вижте този отговор
.