Как да комбинирам агрегатни функции в MySQL?

Трябва да използвате подзаявки:

  SELECT x.user, 
         AVG(x.cnt)
    FROM (SELECT user, COUNT(answer) AS cnt
            FROM surveyValues 
           WHERE study='a1' 
        GROUP BY user) x
GROUP BY x.user

Не можете да обвиете агрегат с друг агрегат. Можете да обвиете аналитика в агрегат, ако MySQL поддържа функции за анализ/класиране/прозорец...