Може да успеете да извършите някакъв вид синхронизиране на данни с помощта на тригери (ако вашата версия на mysql ги поддържа). Те ви позволяват да изпълнявате малки фрагменти от SQL в определени точки, като например след вмъкване на данни в таблица или изтриване от нея.
Например...
create trigger TRIGGER_NAME after insert on INNODB_TABLE
insert into MYISAM_TABLE select * from INNODB_TABLE
where id = last_insert_id();
... Всеки път, когато данни се вмъкват в таблицата INNODB, същите данни се вмъкват автоматично в таблицата MYISAM.