Вероятно е било повреда на данните на InnoDB. Добавих
innodb_force_recovery = 2
към my.ini, рестартирах БД и успях да изхвърля всички данни и да ги възстановя.
Имайте предвид да използвате това, прочетете документацията преди: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html