Не.
Разширението MySQL и MySQLi са „драйвери“, които се грижат за комуникацията между PHP и сървъра на база данни MySQL;
те не променете обхвата от SQL команди, които MySQL сървърът разбира.
Така че докато слоят за абстракция на DB се грижи за това какви функции на PHP трябва да използват за каква цел за вас (и рамка като CI със сигурност трябва да направи това), няма за какво да се притеснявате по отношение на действителните заявки.