Как може този SQL да е грешен? Какво не виждам?

Не смесвайте SQL-89 синтаксис на присъединяване в стил „запетая“ с SQL-92 JOIN синтаксис. Има фини проблеми с предимството на тези два типа операции за свързване.

Във вашия случай последствието е, че оценява условието за присъединяване LEFT JOIN преди u съществува псевдоним на таблицата. Ето защо то не знае какво u.usr_auto_key е.

Можете да коригирате този проблем, като използвате JOIN синтаксис за всички съединения:

SELECT 
  `u`.`usr_auto_key` AS `u__usr_auto_key`, 
  `s`.`set_auto_key` AS `s__set_auto_key`, 
  `u2`.`usr_auto_key` AS `u2__usr_auto_key`, 
  `u2`.`set_auto_key` AS `u2__set_auto_key`, 
  `u2`.`value` AS `u2__value` 
FROM `User` `u` JOIN `Setting` `s`
LEFT JOIN `User_Setting` `u2` ON `u`.`usr_auto_key` = `u2`.`usr_auto_key` 
WHERE (`s`.`sct_auto_key` = 1 AND `u`.`usr_auto_key` = 1 AND admin_property is null)

Не видях никакво условие за присъединяване между u и s във вашето запитване, така че предполагам, че възнамерявате това да бъде декартов продукт?

За повече подробности относно взаимодействието между двете синтактични форми за присъединяване, вижте раздела Промени в обработката на присъединяване в MySQL 5.0.12 на страницата https://dev.mysql.com/doc/ refman/5.0/en/join.html

Относно вашия коментар:Както казах, това е свързано с приоритета на оператора. Ако имате SQL заявка с FROM A, B JOIN C след това оценява B JOIN C преди да обърне внимание на A -- което включва присвояване на псевдоними на таблици. Така че, ако вашето условие за присъединяване за B JOIN C използва псевдонима на таблицата за A получавате грешка, защото този псевдоним все още не съществува.

Ако го обърнете и стартирате B, A JOIN C след това докато оценява условието за присъединяване за A JOIN C псевдонимът за A е наличен и работи (поне в този случай).

Но това е крехко решение, защото може да се нуждаете и от заявка, която не може да бъде коригирана само чрез пренареждане на A и B . По-добре е просто да спрете да използвате остарелия синтаксис на присъединяване със запетаи. Тогава всеки израз за присъединяване има достъп до всичките ви псевдоними на таблици и никога няма да имате този проблем в нито една заявка.