присъединете две таблици заедно с броя на записите от втората таблица въз основа на условие

Използвайте LEFT JOIN вместо INNER JOIN :

SELECT c.id, c.name, c.unit, COUNT(p.category_id) as active_count 
FROM `categories` c 
LEFT JOIN `products` p
    ON c.id = p.category_id AND p.is_active = 1 
GROUP BY c.id;

Също така е важно да преместите предиката p.is_active = 1 от WHERE клауза до ON , така че всички записи на categories таблицата се връщат от заявката.