Как да използвам правилно PHP за кодиране на MySQL обект в JSON?

$data = array();

while ( $row = $result->fetch_assoc() ){
    $data[] = json_encode($row);
}
echo json_encode( $data );

Това трябва да го направи. Също така можете да използвате http://jsonlint.com/ за да видите какви са проблемите с вашия JSON изход.

Актуализация: използвайки fetch_all() може също да е добра идея

$data = $result->fetch_all( MYSQLI_ASSOC );
echo json_encode( $data );