Както казаха други, не можете да използвате командата source
в MySQLdb Python API
Така че, вместо да го изпълнявате, заредете файла и го изпълнете
Да приемем, че вашият .sql файл има
create database test;
Прочетете съдържанието като
sql=open("test.sql").read()
И след това го изпълнете
cursor.execute(sql);
Ще получите нова база данни "тест"