MySQL:Групиране по две колони и сумиране

Въз основа на вашата примерна таблица изглежда, че искате да се групирате по product вместо id . Просто трябва да добавите Size колона към SELECT списък и GROUP BY

$query = "SELECT 
            product,
            Size, 
            SUM(Quantity) AS TotalQuantity 
          FROM inventory
          GROUP BY product, Size";

Имайте предвид, че добавих псевдоним на колона TotalQuantity , което ще ви позволи по-лесно да извлечете колоната от извлечения ред чрез по-разумния $row['TotalQuantity'] , вместо $row['SUM(Quantity)']