Това е така, защото филтрите на SQLAlchemy са едно от малкото места, където == False всъщност има смисъл. Навсякъде другаде не трябва да не използвайте го.
Добавете # noqa коментирайте реда и свършете с него.
Или можете да използвате sqlalchemy.sql.expression.false
:
from sqlalchemy.sql.expression import false
TestCase.obsoleted == false()
където false() връща правилната стойност за вашия SQL диалект на сесията. Има съответстващ sqlalchemy.expression.true
.