MySQL не е вградена база данни - единственият JAR, свързан с нея, е JDBC драйверът. Изисква инсталационен процес, който може да бъде скриптиран чрез Java, но процесът определено ще функционира извън приложението Java, което възнамерявате да поддържате. Това означава, че можете да изключите приложението си Java, но услугата/демона MySQL все още ще работи.
Само libmysqld може да се вгради.
Има вградени бази данни - SQLite, Firebird - и вградени бази данни, направени в Java - HSQL, Derby/(не помня как се казваше преди). Вярвам, че SQL Server Compact Edition може да се вгражда, докато SQL Server Express/MSDE не е. Не знам дали Oracle има версия за вграждане....
