PHP MySQL:Записване на PDF в база данни

Отговорът е точно там, във вашия код:

// Close and output PDF document
// **This method has several options**, check the source code documentation for more information.
$pdf->Output('example_001.pdf', 'I');

От документацията :

Така че, променете кода си по следния начин:

$pdffilecontent = $pdf->Output('', 'S');

и запишете този низ в базата данни