И аз имах същия проблем в миналото. Всичко се случи след преместване на файлове на база данни на ново място и след актуализиране на mysql сървъра. Всички таблици с InnoDB двигателя изчезнаха от моята база данни. Опитвах се да ги пресъздам, но mysql ми каза 1146: Table 'xxx' doesn't exist
през цялото време, докато не създадох моята база данни и рестартирах услугата mysql.
Мисля, че има нужда да прочетете за двоичните файлове на таблици InnoDB.