Официалното хранилище на PHP има скрипт, наречен
docker-php-ext-install
https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
Забравихте да инсталирате разширението, необходимо за стартиране на PDO.
Опитайте да създадете изображение на докер като това:
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql