./configure командата е част от процеса на компилация от изходния код.
Можете да компилирате от източник или да инсталирате чрез мениджър на пакети. Предполагам, че във вашия случай мениджърът на пакети е за предпочитане.
Както се оплаква мениджърът на пакети, не можете да имате и двете php-mysql и php-mysqlnd инсталирано.
Така че можете
yum remove php-mysql
преди
yum install php-mysqlnd
След това проверете за успех чрез
php -m | grep mysqlnd
или
php -i | grep mysqlnd
