Как да съкратите таблица с ограничен външен ключ?

Да, можете:

SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;

TRUNCATE table1;
TRUNCATE table2;

SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;

С тези изявления рискувате да пуснете редове във вашите таблици, които не се придържат към FOREIGN KEY ограничения.