Основната разлика е, че InnoDB поддържа транзакции, докато MyISAM не.
Има много други разлики, но най-често срещаните, за които знам, са:
- Обикновено MyISAM се смята за по-бърз при търсене, но последните подобрения на InnoDB премахват тази разлика и подобряват производителността на работното натоварване при високо едновременно
- InnoDB поддържа транзакции, докато MyISAM не
- InnoDB поддържа референтна цялост, докато MyISAM не
- InnoDB обработва индексите малко по-различно, като съхранява първичния ключ като част от всеки индекс (което прави индексите да заемат повече място на диска, но също така увеличава вероятността за покриващ индекс)
- MyISAM извършва заключване на ниво таблица, докато InnoDB може да извършва заключване на ниво ред
- В конфигурационните файлове на MySQL се използват различни настройки за памет/буфер/индекс
- Обикновено се казва, че InnoDB има по-добро възстановяване при срив
- Както е споменато в друг отговор, данните се съхраняват на диска по различен начин. Вярвам, че InnoDB може да се конфигурира в тази област и може да има един файл на таблица и т.н., ако е необходимо
Сигурен съм, че търсенето с Google или MySQL сайтът ще покаже много други разлики по-подробно.