Проблемът вероятно се дължи на това, че удостоверяването на сокет е активирано за root потребител по подразбиране, когато не е зададена парола, по време на надстройката до ubuntu 16.04.
Решението е да се върнете обратно към удостоверяване с собствена парола. Можете да направите това, като влезете в MySQL, като използвате удостоверяване на сокет, като направите:
sudo mysql -u root
След като влезете:
ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'password';
което ще се върне обратно към собствената (стара по подразбиране) парола за удостоверяване.
Сега използвайте парола като парола винаги, когато се изисква от MySQL.