InnoDB има поддръжка на транзакции, вие не използвате изрични транзакции, така че innoDB трябва да прави комит след всяко изявление ("извършва изчистване на регистрационни файлове на диск за всяко вмъкване" ).
Изпълнете тази команда преди вашия цикъл:
START TRANSACTION
и това след като направите цикъл
COMMIT