MySQL не намалява размера на ibdata1. някога. Дори ако използвате optimize table
за да освободи използваното пространство от изтрити записи, ще го използва повторно по-късно.
Алтернатива е да конфигурирате сървъра да използва innodb_file_per_table
, но това ще изисква архивиране, пускане на база данни и възстановяване. Положителната страна е, че .ibd файлът за таблицата се намалява след optimize table
.