Открих причината, поради която връзката не работи, защото връзката се опитваше да се свърже с порт 8888, когато трябваше да се свърже с порт 8889.
$conn = new PDO("mysql:host=$servername;port=8889;dbname=AppDatabase", $username, $password);
Това отстрани проблема, въпреки че промяната на името на сървъра на localhost все още дава грешка.
Неуспешна връзка:SQLSTATE[HY000] [2002] Няма такъв файл или директория
Но се свързва успешно, когато IP адресът е въведен за името на сървъра.