Не можете ли просто да ги разделите с точка и запетая?
Delete from messages where messageid = '1';
Delete from usersmessages where messageid = '1'
ИЛИ
Просто използвайте INNER JOIN както по-долу
DELETE messages , usersmessages FROM messages INNER JOIN usersmessages
WHERE messages.messageid= usersmessages.messageid and messages.messageid = '1'
