Въпреки че този въпрос изглежда е доста стар, ще публикувам отговор за някой, който търси тук.
SET @count = 0;
UPDATE `users` SET `users`.`id` = @count:= @count + 1;
Ако колоната се използва като външен ключ в други таблици, уверете се, че използвате ON UPDATE CASCADE
вместо по подразбиране ON UPDATE NO ACTION
за връзката с външния ключ в тези таблици.
Освен това, за да нулирате AUTO_INCREMENT
count, можете незабавно да издадете следното изявление.
ALTER TABLE `users` AUTO_INCREMENT = 1;
За MySQL ще нулира стойността на MAX(id) + 1
.