за да получите желания резултат:
заменете тези редове
String[] arr = null;
while (rs.next()) {
String em = rs.getString("EM_ID");
arr = em.split("\n");
for (int i =0; i < arr.length; i++){
System.out.println(arr[i]);
}
}
от
String arr = null;
while (rs.next()) {
String em = rs.getString("EM_ID");
arr = em.replace("\n", ",");
System.out.println(arr);
}