Е, това е огромна стъпка, която предстои да предприемете.
Като цяло Java е сравнително добра като обратна съвместимост.
Следва списък с промените, които Oracle е посочил за всяко издание:
Що се отнася до EJB, има големи разлики между EJB 1.1 и EJB 3.0 (бих препоръчал 3.1), които наистина трябва да бъдат коригирани, бих започнал от тук .
Що се отнася до базата данни, ако използвате стратегията за автоматично генериране на хибернация, няма да имате проблеми със скрипта, който сте имали преди (предполагам, че сте имали такъв!).
Що се отнася до сървъра за приложения, предполагам, че няма да имате проблеми с него, ако е прясно инсталиран, разбира се, стига да тествате миграцията на вашия проект върху него.
Надявам се това да помогне.