Използване на изрази WITH и UPDATE в една и съща SQL заявка

Можете да използвате клауза with в актуализация; просто трябва да го направите на правилното място:

UPDATE mytable
   SET name = (WITH temp AS((SELECT 'abcd' AS oldvalue, 'defg' AS newvalue FROM dual) UNION
                            (SELECT .....) --About 300 lines of this, copied from Excel and then formatted into the SELECT statement
                           )
               SELECT newvalue
               FROM   temp
               WHERE  mytable.name = temp.oldvalue);

Вероятно обаче искате да актуализирате само редове, които съществуват във временната подзаявка, така че ще ви трябва допълнителна клауза where:

UPDATE mytable
   SET name = (WITH temp AS((SELECT 'abcd' AS oldvalue, 'defg' AS newvalue FROM dual) UNION
                            (SELECT .....) --About 300 lines of this, copied from Excel and then formatted into the SELECT statement
                           )
               SELECT newvalue
               FROM   temp
               WHERE  mytable.name = temp.oldvalue)
WHERE  EXISTS (WITH temp AS((SELECT 'abcd' AS oldvalue, 'defg' AS newvalue FROM dual) UNION
                            (SELECT .....) --About 300 lines of this, copied from Excel and then formatted into the SELECT statement
                           )
               SELECT NULL
               FROM   temp
               WHERE  mytable.name = temp.oldvalue);

Като алтернатива използвайте оператор MERGE:

merge into mytable tgt
  using (WITH temp AS((SELECT 'abcd' AS oldvalue, 'defg' AS newvalue FROM dual) UNION
                      (SELECT .....) --About 300 lines of this, copied from Excel and then formatted into the SELECT statement
                     )
         SELECT mytable.rowid r_id,
                temp.newvalue
         FROM   temp
         inner  join mytable on mytable.name = temp.oldvalue) src
    on (tgt.rowid = src.r_id)
when matched then
update set tgt.name = src.newvalue;

N.B. трябва да се присъедините към действителната таблица в изходната заявка на оператора за сливане, защото се опитвате да актуализирате колоната, към която се присъединявате, което не можете да направите в оператор за сливане - затова превключих свързването за сливане на присъединете се към mytable.rowid.

Ще трябва да тествате и двете твърдения, за да видите кое е най-ефективно за вашите данни.