След няколко часа открих проблема. Размерът на извличане по подразбиране на OJDBC е 10, така че с увеличаване на броя на редовете времето за извличане нараства много бързо.
Какво е странно:това беше първата ми идея, затова се опитах да задам <property name="eclipselink.jdbc.fetch-size" value="100"/> в persistence.xml . Не проработи, затова се насочих към други решения. Днес го зададох на единична заявка чрез query.setHint("eclipselink.jdbc.fetch-size", 100) и работи.
