Oracle съхранява само частите до секунда в DATE поле.
Използвайте TIMESTAMP вместо това:
SELECT TO_TIMESTAMP('2004-09-30 23:53:48,140000000', 'YYYY-MM-DD HH24:MI:SS,FF9')
FROM dual
, вероятно го прехвърля към DATE след това:
SELECT CAST(TO_TIMESTAMP('2004-09-30 23:53:48,140000000', 'YYYY-MM-DD HH24:MI:SS,FF9') AS DATE)
FROM dual