Използвате точка и запетая като разделител на пътя на класа - това няма да работи на Linux. Опитайте да замените ";" с ":" в classpath и трябва да работи.
Редактиране: обяснение какво се случва тук. В Linux, ";" е разделител на команди. Вашата линия на
java -cp /home/JohnF/postgresql-9.2-1000.jdbc4.jar;/home/JohnF QueryDB
наистина се разширява в 2, изпълнени един по един:
java -cp /home/JohnF/postgresql-9.2-1000.jdbc4.jar
/home/JohnF QueryDB
Първият не прави нищо и успешно излиза. Вторият се опитва да извика /home/JohnF като изпълним файл и това наистина не е изпълним файл, а директория!
