Как мога да ускоря разликата между таблиците?

В твърденията по-горе вие ​​не използвате индексите.

Можете да направите нещо като:

SELECT * FROM tableA a
  FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID

След това можете да използвате същия израз, за ​​да покажете кои таблици са имали липсващи стойности

SELECT * FROM tableA a
  FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID
  WHERE ISNULL(a.someID) OR ISNULL(b.someID)

Това трябва да ви даде редовете, които липсват в таблица A ИЛИ таблица B