Вместо да използвате:
cur.execute('CREATE DATABASE ' + dbname)
Създадох празна база данни с първоначални миграции и я копирах всеки път с помощта на командата:
cur.execute('CREATE DATABASE {} WITH TEMPLATE created_db'.format(dbname))
Вече няма нужда от динамични миграции към новосъздадената база данни.