Изглежда, че проблемът е, че имате празни низове в таблицата си. Ще трябва да се справите с тях, вероятно с оператор за случай, като например:
execute %{ALTER TABLE "table1" ALTER COLUMN columnB TYPE integer USING CAST(CASE columnB WHEN '' THEN NULL ELSE columnB END AS INTEGER)}
Актуализация:напълно пренаписана въз основа на актуализиран въпрос.