Причината беше доста проста. Обаждах се на EnsureCreated в Startup.cs което получаваше конфликт с миграциите, тъй като работеха по различен начин. За щастие собствениците на EF Core ми го изясниха в GitHub.
И така, за да обобщим – ако искате да използвате Migrations, не можете да използвате EnsureCreated.
