Проблемът беше, че postgres jar беше твърде стар.
Изтриване на libpostgresql-jdbc-java от системата, изтегляне и инсталиране на 42.2.8 от https://jdbc. postgresql.org/download.html (Не можах да намеря maven координати за него) реши проблема с ненамирането на сертификата.
Също така трябваше да добавя root.crt към .postgresql, но от регистъра на грешките беше ясно.
Сега проблемът е, че частният ключ не може да бъде прочетен, защото никой доставчик на сигурност не го разбира. Вижте конфигурирайте tomcat/hibernate, за да имате криптографски доставчик, поддържащ 1.2.840.113549.1.5.13 .
