Добре, най-накрая разбрах какъв беше проблемът. Този ред schemaspy.dp=postgresql-42.2.4.jar трябва да се добави директно след дефиницията на типа база данни. Сега моите schemaspy.properties файлът е:
# type of database. Run with -dbhelp for details
schemaspy.t=pgsql
# optional path to alternative jdbc drivers.
schemaspy.dp=postgresql-42.2.4.jar
# database properties: host, port number, name user, password
schemaspy.host=localhost:5431
schemaspy.port=5431
schemaspy.db=dbname
schemaspy.u=dbuser
schemaspy.p=dbpassword
# output dir to save generated files
schemaspy.o=/home/user/dump
# db scheme for which generate diagrams
schemaspy.s=public
И работи правилно.
