Регистър на имената на таблиците и свойствата в Entity Framework 7 е без значение

Заменете DelimitIdentifier в NpgsqlSqlGenerationHelper по този начин:

public class SqlGenerationHelper : NpgsqlSqlGenerationHelper
{
    public override string DelimitIdentifier(string identifier) => identifier.Contains(".") ? base.DelimitIdentifier(identifier) : identifier;
}

Заменете ISqlGenerationHelper с вашия клас, като използвате метода ReplaceService:

public class MyContext : DbContext
{
    public virtual DbSet<MyTable> MyTable { get; set; }

    public MyContext(DbConnection connection) :
           base(new DbContextOptionsBuilder().UseNpgsql(connection)
                                             .ReplaceService<ISqlGenerationHelper, SqlGenerationHelper>()
                                             .Options) 
    { }
}