Сега работи само с последната бета версия на Npgsql http://pgfoundry.org/frs/download.php/3494/Npgsql2.0.13.91-bin-ms.net4.5Ef6.zip И вие трябва да промените
<provider invariantName="Npgsql" type="Npgsql.NpgsqlFactory, Npgsql" />
до
<provider invariantName="Npgsql" type="Npgsql.NpgsqlServices, Npgsql" />